微波滅菌機是一種物理殺菌方法，不需要添加任何化學產品就能夠殺菌，而且不會對任何事物產生放射性物質的污染，也不會殘留毒性，安全無害。而且在同一溫度下， 微波殺菌器的殺菌時間短，還不不需要預熱，且殺菌效果非常好，微波能同時對物料表里實施整體殺菌，很大的縮短殺菌周期，并保證殺菌一致性。
微波滅菌機主要應用于：
用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、殺菌，杏仁、花生、紅棗、桃仁、板栗的烘烤、膨化、殺菌、脫皮，醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮。
1、易于控制：微波加熱的熱慣性很小。如果由微機控制，則特別適宜于加熱過程和加熱工藝的自動化控制。
2、無污染：微波能量本身不會污染食物。微波具有熱效應和非熱效應的雙重殺菌效果，可在較低溫度下殺滅細菌。這提供了一種能夠在食品中保持更多營養成分的加熱殺菌方法。
3、節能高效：在微波加熱中，微波能量只能被被加熱物體本身吸引產生熱量，加熱室壁和加熱室中的空氣和相應的容器不會產生熱量，因此熱效應很高，產生的效果明顯改善。
4、均勻加熱：對于常規加熱，為了提高加熱速度，需要提高加熱溫度，這容易產生內部外部結焦的現象。微波加熱時，物體的各個部分通常都能均勻地透過電磁波產生熱量，因此均勻性大大提高。
5、對物料選擇性加熱：微波對不同物質有不同的作用，有利于干燥操作。因為水分子更好地吸收微波，所以含水量高的部分比含水量低的部分吸收更多的微波功率，這是選擇性加熱的特征。當微波用于處理木材、紙板和其他產品時，利用這一特性可以實現均勻加熱和干燥。
6、加熱速度快：常規加熱，如火焰、熱空氣、電加熱、蒸汽等。利用熱傳導原理將熱量從被加熱物體的外部傳遞到內部，逐漸升高物體中 心的溫度，這稱為外部加熱。在中心部分達到所需的溫度需要一定的時間，對于導熱性差的物質則需要更長的時間。
微波殺菌是把加熱物質本省變成一個加熱元件，這叫做內部加熱模式。它不需要導熱過程，內外同時加熱，因此能在多時間內達到加熱的效果。
